Русские ученые создали программу для скорого анализа совокупности генов

Метагеном — это совокупность генов всех микробов, проживающих в одной среде, например, в кишечном тракте человека. Метагеном часто является индикатором предрасположенности к разным заболеваниям.

«В микрофлоре кишечника пациента могут быть выявлены микроорганизмы, ассоциируемые с каким-либо заболеванием, например, с диабетом либо предрасположенностью к нему». И это дает предпосылки для использования персонализированной медицины и создания новых фармацевтических средств.

Программный инструмент под названием MetaFast, разработанный учеными, дает возможность провести быстрый сравнительный анализ огромного количества метагеномов.

Одной из главных особенностей программы является возможность удачно работать со средами, генетическое содержимое которых до этого не было изучено. «Например, больных и здоровых людей», — добавил Дмитрий Алексеев из Московского Физтеха в Долгопрудном. Дополнительные методики дозволят подтвердить и изменить приобретенные результаты. В таком случае не маловажно применение персонализированной медицины, создание безусловно новых фармацевтических средств.

Каждый из микробов, безусловно, владеет собственной специфичностью. Она способна работать даже с безусловно неведомым материалом и получить результат. И даже одиночные ДНК программа находит и собирает.

Диапазон использования MetaFast не ограничивается обнаружением патогенных микробов. Так, ученые рассмотрели метагеном нескольких больших озер мира. Благодаря тому, что стоимость извлечения ДНК уменьшается, а чувствительность оборудования возрастает, количество этих данных стремительно растет но основная часть исследований не завершена из-за особенностей имеющихся на сей день технологий. Они, тем не менее, могут сравнить отдельные куски генома с уже известными базами ДНК, в которых, однако, приведено очень ограниченное число бактерий, а вирусов почти нет.

Разработанный метод сочетает внутри себя сильные стороны этих 2-х подходов и при этом обеспечивает хорошую скорость обработки данных. В отличие от «конкурентов», для ее работы не требуется широкая база эталонных геномов либо астрономические объемы оперативной памяти и суперкомпьютерный центр — к пример, анализ метагенома граждан Китая занял всего 34 часа и потребовал 90 гигабайт памяти и ресурсов 20 процессоров.